Die Fährinsel liegt zwischen den Inseln Rügen und Hiddensee. Sie gliedert sich in zwei große Bereiche; das Strandwallsystem im Westen, Norden und Osten der Insel und das darin eingeschlossene Küstenüberflutungsmoor (Roschen). Entsprechend dieser geomorphologischen Gliederung finden wir heute auf den Strandwällen trockene Vegetationsformationen, die durch dichtes Wacholdergebüsch geprägt werden. Nur an wenigen Stellen lassen kleinere Flächen, die mit Besenheide bestanden sind, den einstigen Charakter einer offenen, mit Wacholderheide bestandenen Insel erkennen. Zwischen den Wacholdern sehen wir charakteristische Magerrasenelemente. Zwischen den einzelnen Strandwällen finden wir zahlreiche süßwasserbeeinflusste Riegen mit Verlandungsmooren. Im durch regelmäßige Überflutungen mit Boddenwasser salzwasserbeeinflussten Roschen ist die Meerbinse (Juncus maritimus) die dominierende Pflanze, stellenweise finden sich kleine Flecken der ursprünglichen kurzrasigen Salzwiese mit der hier typischen Salzbinse.

Wegen ihrer einzigartigen Naturausstattung wurde die Insel bereits 1910 zum Vogelschutzgebiet erklärt, 1943 nochmal als staatlich anerkanntes Vogelschutzgebiet ausgewiesen. Damals war die Fährinsel durch die Besiedlung noch baumlos und zugleich ein bedeutendes Brutgebiet. Unzählige Möwen- und Seeschwalben beherbergte die Insel. In den 1950-iger Jahren brüteten hier tausende Seevögel, u.a. über 1.000 Sturmmöwen, 300 Flussseeschwalben, 110 Mittelsäger und 20 Austernfischer. Auch Sandregenpfeifer und Zwergseeschwalbe waren reichlich vertreten. Fehlende Nutzung führte zu einer natürlichen Sukzession (Verbuschung) und dem zunehmenden Ausbleiben von Seevögeln. Im Jahr 1990 wurde die Fährinsel Teil des Nationalparks Vorpommersche Boddenlandschaft und gehört hier zur Pflege- und Entwicklungszone.